Molekulárna destiláciaje špeciálna technológia separácie kvapalina-kvapalina, ktorá sa líši od tradičnej destilácie, ktorá sa opiera o princíp separácie rozdielu bodu varu. Ide o proces destilácie a čistenia materiálu citlivého na teplo alebo materiálu s vysokým bodom varu pomocou rozdielu vo voľnej dráhe pohybu molekúl vo vysokom vákuu. Používa sa hlavne v chemickom, farmaceutickom, petrochemickom priemysle, korení, plastoch a olejoch a iných priemyselných oblastiach.
Materiál sa prenáša z plniacej nádoby do hlavnej destilačnej opláštenej odparky. Prostredníctvom rotácie rotora a nepretržitého zahrievania sa materiálová kvapalina zoškrabuje do extrémne tenkého, turbulentného tekutého filmu a tlačí sa nadol v tvare špirály. V procese klesania sa ľahší materiál (s nízkym bodom varu) v kvapaline materiálu začína vyparovať, presúvať sa do vnútorného kondenzátora a stáva sa kvapalinou prúdiacou dolu do banky na prijímanie ľahkej fázy. Ťažšie materiály (ako je chlorofyl, soli, cukry, vosk atď.) sa neodparujú, ale prúdia pozdĺž vnútornej steny hlavného výparníka do banky na zachytávanie ťažkej fázy.